โคจิเป็นหนึ่งในส่วนผสมหลักที่ใช้ในการทำมิโซะ โดยจะเตรียมจากข้าวนึ่งที่ผสมกับหัวเชื้อโคจิซึ่งประกอบด้วยสปอร์ของเชื้อรา ASPERGILLUS ORYZAE จากนั้นนำไปบ่มประมาณ 45 ชั่วโมงจนแต่ละเมล็ดข้าวถูกปกคลุมด้วยเชื้อราสีขาวหอมฟู